Первоначальным ядром города был город-крепость, который с XVIII в. называется Афрасиаб, который сложился уже к середине V в. до н. э. и был обведен крепостными стенами. В 329 году до н. э. город был взят приступом войсками Александра Македонского. В античное время (III в. до н. э.- III в. н. э.) Самарканд являлся столицей области Согдиана (Согд) и был охвачен кольцами крепостных стен: вокруг собственно города и его округи.

После временного упадка IV-V вв. начинается интенсивное развитие раннефеодального города, ознаменованное возведением новых укреплений, богатых дворцов и усадеб согдийской феодальной знати. Арабское завоевание (712г) приводит к запустению города. Бурный его рост наблюдается при правящих династиях Саманидов (IX-X вв.) и Караханидов (XI-XII вв.). В этот период Самарканд и его пригороды были плотно застроены. Процветали ремесла и торговля, продолжается интенсивное строительство жилых домов, дворцов, усадеб, культовых исламских зданий, гражданских сооружений.

При монгольском завоевании (1220г) город был разрушен и опустошен окончательно и на прежнем месте уже не смог возродиться. Уцелевшие жители переселились к югу, на территорию нынешнего Самарканда. В XIV-XV вв., в период царствования грозного Тимура (Тамерлана) и его внука Улугбека, Самарканд вступает в пору невиданного блеска. Возводятся цитадель, крепостные стены, пробиваются большие улицы, возникают грандиозные архитектурные ансамбли. Город становится столицей огромной империи.

Но с середины XV в. значение Самарканда падает. Новый подъем монументального строительства город переживает в XVII в., став удельной столицей узбекского рода Алчин. В XVIII в. городская жизнь опять приходит в упадок вплоть до XIX в. В 1868 году город был занят русскими колониальными войсками и вошел во вновь созданный Зеравшанский округ Туркестанского генерал-губернаторства. В этот период здесь строятся дома европейского стиля, разбиваются парки, скверы и бульвары. С 1924г. по 1930г. – это столица Советского Узбекистана. Сейчас Самарканд – второй по величине и по количеству вузов город в республике с населением более 500 000 человек.